在古代，朝廷设立了“尚书省”来处理政务。其中有一个机构叫“大理寺”，专门处理刑案。而在民间，也有许多侦探擅长破案。
小桥流水人家，这回就发生了好事。少年包青天遇到了一个神仙爷爷，帮他破了一个奇案。
一天，有一个贪官被杀，身上没有一块铜钱，死因不明。显然，这是一件离奇的案子。经过包青天的调查，他发现厨师和守卫都在案发时到场，还有一个叫锺知县的人也在事发现场。
包青天怀疑锺知县正是凶手，但是他没有证据。这时，神仙爷爷出现了，说他可以协助少年包青天调查案情。
结果，神仙爷爷的法力非凡，他不仅帮助包青天找到了案犯的下落，还用法术让假证据自动曝光。
于是，随着案子的突破，“自封江南第一智”的包青天名声大噪，成为京城里的知名少年侦探。